Una part molt important de les activitats de l'IPHES consisteix en la realització d'excavacions i prospeccions arqueopaleontològiques relacionades amb els projectes de recerca que desenvolupa el seu personal.

Aquestes intervencions, lluny de ser casuals o anecdòtiques, representen la matèria primera del nostre cos de dades. En aquest sentit, tret de les excavacions preventives que sorgeixen i que es preceptiu per llei d’excavar, la majoria de les nostres excavacions són programades i s’insereixen directament en les línies de recerca i activitats que desenvolupem.