L' IPHES s'ha fundat a partir de la integració de personal docent i investigador reconegut internacionalment per la seva qualitat i nombre de publicacions. Aquest personal procedeix de la Universitat Rovira i Virgili i d'altres centres, i formen part de l'Equip d'Investigació d'Atapuerca (EIA Burgos, Espanya) i del projecte Guadix-Baza (Granada, Espanya).

Participant amb veu pòrpia en el debat científic de vanguardia internacional, l'IPHES és generador de coneixement en les àrees de Prehistòria i Evolució Humana. Aquest equip d'investigació és, a l'estat espanyol, el que més imapcte ha obtingut durant els darrers anys a través de les seves publicacions internacionals (ISI Web of Knowledge: Journal Citation Reports). El director de l'equip d'investigació és autor de l'article científic més citat intermnacionalment en els últims deu anys des de les disciplines socials (Science, 1995, Lower Pleistocene hominids and artefacts from Atapuerca-TD6 (Spain), Carbonell Eudald et al).

Durant l'últim desenni l'equip d'investigació ha publicat sobre Prehistòria i Evolució Humana articles en 39 revistes científiques de caràcter internacional, ha obtingut una mitjana de cites per article de 8,60, xifra molt notable si la comparem amb la mitjana de les universitats dels EEUU (4,19), Regne Unit (3,45) o de l'estat espanyol (2,65).

L'equip d'investigació d'Atapuerca va ser distingit l'any 1997 amb el premi "Princípe de Asturias" per la Investigació Científica i Tècnica.