Los objetivos del IPHES son los siguientes:

1.  El estudio de los cambios y transformaciones de la evolución y el comportamiento humano a través del trabajo de campo, de laboratorio y los estudios de gabinete
2. El trabajo preferente en los campos del conocimiento empírico de la arqueología, la geología, la biología y la botánica en el marco de una visión científica evolucionista, abierta y transdisciplinar
3.  El fomento y aplicación de un pensamiento y acción científica elaborados a partir del continuum evolutivo de la historia humana y las interacciones con su entorno
4. La aplicación del conocimiento de especie en el ámbito social a partir del desarrollo de conceptos y modelos surgidos de una concepción evolucionista del hecho humano
5. Para ello desarrollamos nuestra actividad a a través de tres líneas de actuación: investigación, docencia y socialización del conocimiento
6. Con la misma finalidad, asumimos entre nuestros objetivos una vocación universal para establecer relaciones de colaboración bidireccionales con otras instituciones, universidades, centros de investigación y otras entidades estatales e internacionales